Τον χειμώνα του 1825 ο Ιμπραήμ αποβιβάστηκε στη Μεθώνη, με τους αντιπάλους του να μαστίζονται τότε από τον εμφύλιο σπαραγμό. Μόνο στις 7 Απριλίου 1825, μια πολυπληθής (άνω των 3.000 ανδρών υπό τον Κυριάκο Σκούρτη) ελληνική δύναμη προσπάθησε να του φράξει τον δρόμο στο χωριό Κρεμμύδια, μεταξύ Μεθώνης και Πύλου. Ο Αιγύπτιος πολέμαρχος διέλυσε με ευκολία τους αντιπάλους του, προξενώντας τους σημαντικές απώλειες. Έπειτα, συνέχισε την πορεία του, έχοντας ως στόχο την εκπόρθηση των δύο φρουρίων της Πύλου, Παλαιόκαστρο και Νιόκαστρο.
Σε αυτό το πλαίσιο, χίλιοι περίπου Έλληνες και τέσσερα πλοία προστάτευαν τη Σφακτηρία. Εκεί βρισκόταν ο Αναγνωσταράς, ο Αλέξανδρος Μαυροκορδάτος και ο Ιταλός κόμης Σαντόρε ντι Σανταρόζα. Στις 26 Απριλίου διεξήχθη η επίθεση των μουσουλμάνων, η οποία ξεκίνησε με κανονιοβολισμούς και συνεχίστηκε με επιχείρηση απόβασης. Οι αμυνόμενοι αιφνιδιάστηκαν, με αποτέλεσμα 350 εξ αυτών να σκοτωθούν και 200 ακόμη να αιχμαλωτιστούν. Μεταξύ των νεκρών συγκαταλέγονταν ο Αναγνωσταράς, καθώς επίσης ο Σανταρόζα. Από την ηγεσία των επαναστατών, μόνο ο Μαυροκορδάτος πέτυχε να διασωθεί επιβιβαζόμενος στο πλοίο «Άρης».
Μετά την πτώση της Σφακτηρίας, το έργο του Ιμπραήμ διευκολύνθηκε. Στις 30 Απριλίου παραδόθηκε το Παλαιόκαστρο, ενώ στις 11 Μαΐου το Νιόκαστρο. Έκτοτε, η περιοχή της Πύλου αποτέλεσε ένα από τα κύρια ορμητήρια των Οθωμανοαιγυπτίων, προξενώντας σοβαρά προβλήματα στην ελληνική πλευρά. Δικαιολογημένα λοιπόν κατέγραψε ο Κοσομούλης πως μετά την ήττα επί της πελοποννησιακής βραχονησίδας «κανενός πρόσωπον δεν έβλεπες να γελά, όλοι σκυθρωποί και οι πέτρες και αυτές ελυπούντο. Χίλιες υποψίες απερνούσαν εις καθενός τον νουν και το μέλλον όλοι το έβλεπον ως κινδυνώδες».
